由于生物制藥廢水的特點，大多數制藥廢水經生化處理后無法達標排放，因此必須進行預處理。通常，為了調節水質、水量水質、水量和酸堿度，并根據實際情況采用一些物化或化學方法作為預處理工藝，以降低水中的硫、鹽和化學需氧量，減少廢水中的生物抑制劑，增加廢水的可降解性，方便后續廢水的生化處理。

　　一般常見的制藥廢水處理：

　　1.生物處理技術

　　生物處理技術是在普通有機廢水處理系統中，利用微生物(主要是細菌)的代謝作用，對廢水中的可溶性有機物和部分不溶性有機物進行氧化、分解和吸附，使其轉化為對水質無害、穩定的物質，達到凈化水質的目的。現代生物處理工藝中廣泛采用的工藝有好氧生物氧化、兼性生物降解和厭氧消化降解。由于其經濟可行、無二次污染等優點，生物處理技術越來越受到重視。

　　2.化學處理技術

　　利用化學原理和化學作用，將污水中的污染物成分轉化為無害物質凈化污水，其單元操作過程包括中和、沉淀、氧化還原、催化氧化、焚燒等。

　　3.物理化學處理技術

　　物理工藝是指通過相對轉移的變化去除廢水中污染物的工藝。常見的單元操作有萃取、吸附、膜過程、離子交換等。

　　4.物理處理技術

　　物理化學法是利用物理作用分離廢水中的溶解物和乳濁物，使其成分發生變化的處理方法，基于柵格(篩)、沉淀(沉砂)、過濾、微過濾、氣浮、離心(旋流)分離等單元的操作方式，成為現在比較成熟的污水處理技術。

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